Recientemente hemos incorporado a nuestro portfolio de genómica el estudio de Exoma completo, ampliando de esta manera el alcance de la secuenciación NGS a todas las regiones codificantes del genoma, con la posibilidad de priorizar el análisis de genes pre-establecidos y/o por clínica del paciente en términos HPO (https://hpo.jax.org/).
Este abordaje, que reemplaza con tecnología superadora al actual exoma clínico dirigido, permite optimizar el rendimiento diagnóstico de la búsqueda de variantes genéticas clínicamente relevantes en pacientes con enfermedades poco frecuentes (EPOF) de origen mendeliano, con gran heterogeneidad genética, con solapamiento de fenotipos y/o fenotipos inespecíficos.
Al menos el 80% de estas enfermedades tienen un origen genético. En Argentina, 3,6 millones de personas viven con al menos una enfermedad poco frecuente, representando a 1 de cada 13 personas que tienen comprometida su salud y su calidad de vida. En promedio, en nuestro país, a una persona que padece algún tipo de estas enfermedades le lleva 10 años llegar a un diagnóstico diferencial desde la aparición del primer síntoma. Como consecuencia del retraso diagnóstico, estos pacientes no reciben tratamientos o cuidados adecuados, por lo que detectar la causa a tiempo resulta más que relevante para mejorar su condición y calidad de vida (cita FADEPOF: https://fadepof.org.ar/numeros_en_argentina.php).
La secuenciación de nueva generación (NGS) nos permite actualmente, en un mismo estudio, evaluar todos los genes de nuestro genoma en búsqueda de cambios significativos relacionados a la patología del paciente. El análisis del exoma completo permite la secuenciación de todas las regiones codificantes de nuestro genoma (exones) que, si bien representan entre el 1 al 2% de todo el genoma, concentra más del 85% de las variantes conocidas que causan enfermedades genéticas.
De esta manera, pasamos del análisis de regiones codificantes de un grupo de genes seleccionados por su implicancia clínica en bases de datos conocidas (exoma clínico), a todos los genes del genoma (exoma completo), aumentando la cobertura horizontal del test. Dado que puede existir una variante en un gen del que aún no tenemos suficiente conocimiento, esto puede ser favorable para el paciente en un futuro y ser más eficientes en su diagnóstico, especialmente en aquellas en las que no conocemos sus bases moleculares.
En esta nueva modalidad existe además la posibilidad de analizar el genoma mitocondrial en conjunto con el exoma completo. El análisis del genoma mitocondrial resulta clave en el diagnóstico de patologías donde existe compromiso neuromuscular, respiratorio y/o cuando se sospecha participación de la mitocondria en el desarrollo de la enfermedad. Importante: la inclusión del análisis del genoma mitocondrial deberá ser indicado exclusivamente en el formulario de ingreso de cada solicitud.
Tecnología y metodología:
La metodología utilizada para la realización del exoma completo (Illumina® Exome 2.5) en busca de variantes puntuales, Indels y CNVs, implica la secuenciación de 37,5 Mb que incluye secuencias codificantes curadas (CDS, Curated Coding Sequences) de las siguientes bases de datos: RefSeq, CCDS, (Consensus Coding Sequences), ACMG (American College of Medical Genetics and Genomics), COSMIC (Catalogue of Somatic Mutations in Cancer) y OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man), con una cobertura excepcional de variantes patógenicas o probables patogénicas reportadas en las bases de datos ClinVar y ACMG.
La secuenciación por NGS del ADN mitocondrial involucra 16.659 pb, los 37 genes del genoma mitocondrial (chrM) y permite identificar variantes puntuales y pequeñas inserciones/deleciones asociadas a patologías mitocondriales (no se analizan CNVs). Se informan variantes a partir del 10% de heteroplasmia.
Prestaciones asociadas y proceso de solicitud de los mismos:
* Exoma completo dirigido a patología especifica con diagnóstico presuntivo (HPO), con o sin análisis del genoma mitocondrial.
**Exoma completo trío incluye a los progenitores del probando con el fin de aumentar el rendimiento diagnóstico de la prueba.
La solicitud de cada prestación se debe realizar a través de nuestra extranet, mediante un formulario Web. Dentro del mismo se deberá indicar si se desea agregar el análisis del genoma mitocondrial en el mismo estudio, y completar con datos relevantes para el correcto análisis tales como la información clínica completa de cada caso, ya que el análisis se basa exclusivamente en la historia clínica del paciente y datos provistos en el mismo, y de esto depende el éxito del análisis.
Estas prestaciones reemplazan a las prestaciones asociadas a exoma clínico dirigido: 2191, 2720, 2185 y 2707. Tener en cuenta que todo ingreso con solicitud de exoma clínico dirigido (prestaciones: 2191, 2720, 2185 y 2707) cuya propuesta comercial (PCom) se encuentre aún en vigencia, será informado en la modalidad dirigida. Los códigos de las prestaciones asociadas a exoma clínico dirigido serán completamente discontinuadas en el mes de Octubre.
Referencias:
– Federación Argentina de Enfermedades Poco Frecuentes. FADEPOF: https://fadepof.org.ar/numeros_en_argentina.php
– Manickam K, McClain MR, Demmer LA, et al. Exome and genome sequencing for pediatric patients with congenital anomalies or intellectual disability: an evidence-based clinical guideline of the American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG). Genet Med. 2021;23(11):2029-2037. doi:10.1038/s41436-021-01242-6
-Wright CF, FitzPatrick DR, Firth HV. Paediatric genomics: diagnosing rare disease in children. Nat Rev Genet. 2018;19(5):253-268. doi:10.1038/nrg.2017.116
-Dillon OJ, Lunke S, Stark Z, Yeung A, Thorne N; Melbourne Genomics Health Alliance; Gaff C, White SM, Tan TY. Exome sequencing has higher diagnostic yield compared to simulated disease-specific panels in children with suspected monogenic disorders. Eur J Hum Genet. 2018 May;26 (5):644-651. doi: 10.1038/s41431-018-0099-1. Epub 2018 Feb 16. PMID: 29453417; PMCID: PMC5945679.
Para mayor información:
Puede acceder a preguntas frecuentes a través de este link:
Preguntas frecuentes Exoma completo (1)
Consultas:
Por cuestiones administrativas: presupuestos@cibic.com.ar
Por derivaciones: derivaciones@cibic.com.ar
Por consultas técnicas: bioqpra@cibic.com.ar
Para asesoría científico comercial: gdemarchi@cibic.com.ar