En concordancia con el compromiso a la innovación constante que lo caracteriza, Cibic Laboratorios ha incorporado el analizador genético de electroforesis capilar (CE) de última generación Applied Biosystems™ SeqStudio™ Genetic Analyzer (Imagen 1).
Imagen 1. Applied Biosystems™ SeqStudio™ Genetic Analyzer
Este equipo combina un diseño compacto con una serie de características que lo hacen fácil de usar, fácil de mantener y fácil de acceder y compartir datos. La principal innovación que presenta es la utilización de un cartucho todo en uno (Imagen 2) que integra la matriz capilar (4 capilares), el depósito de polímero y el tampón anódico, lo cual ayuda a maximizar la eficiencia y la comodidad, disminuyendo los tiempos de operación (1).
Imagen 2. Applied Biosystems™ SeqStudio™ Cartridge
Otra novedad que presenta este sistema de cartucho todo en uno, es la utilización de un polímero universal (POP-1) que permite resolver en forma simultánea y en una misma placa secuenciación Sanger y análisis de fragmentos, brindándole una gran flexibilidad. La cual, combinada con la utilización de 4 capilares permite obtener resultados en forma rápida, mejorando notablemente la productividad (1).
Dentro de las aplicaciones diagnósticas que el equipo permite resolver se destacan:
• Secuenciación Sanger dirigida.
• Confirmación de resultados obtenidos por Next-Generation Sequencing (NGS).
• Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification (MLPA).
• Análisis de fragmentos.
Utilidad de la técnica MLPA:
Las variaciones en el número de copias (CNVs) son una fuente importante de variación genética en el ADN humano y juegan un papel en una gran cantidad de patologías. MLPA es una técnica semi-cuantitativa no automatizada que se utiliza para determinar el número relativo de copias de hasta 60 secuencias de ADN en una única reacción multiplex basada en PCR (2).
Esta técnica se basa en la ligación y la amplificación por PCR de hasta 60 pares de oligonucleótidos sonda, que se hibridan con los loci de interés (Imagen 3). Cada par de oligonucleótidos está diseñado para dar un producto de amplificación de una longitud específica; y mediante el uso de extremos con secuencias únicas, todas las sondas ligadas pueden amplificarse con un único par de cebadores en una reacción de PCR. El cebador de PCR forward está marcado con un fluoróforo, que permite la detección y cuantificación relativa de sondas separadas por tamaño en un sistema automatizado CE.
Imagen 3. Esquema MLPA.
Este método se ha utilizado con éxito para numerosas aplicaciones en las que las deleciones y duplicaciones de uno o más exones son causa de una enfermedad. Además, una variante de la técnica MLPA (MS-MLPA) también se puede aplicar para evaluar el perfil de metilación de varias secuencias genómicas. MS-MLPA se usa ampliamente para la detección de alteraciones epigenéticas como pueden presentarse en enfermedades como el síndrome de Prader Willi / Angelman y Beckwith Wiedemann / Russell Silver (3, 4, 5) (3-5). MS-MLPA también se usa con frecuencia en el análisis de tumores (6).
Con la reciente masificación de las técnicas de secuenciación masiva por NGS, que permiten entre otras aplicaciones realizar screening para CNVs, la técnica de MLPA, al ser considerada la técnica gold standard para la detección de este tipo de alteraciones, ha tomado particular relevancia a la hora confirmar o descartar un resultado de screening de CNVs alterado por NGS.
El analizador genético SeqStudio proporciona resultados rápidos y eficientes, ya que en cada ciclo puede correr 4 muestras de reacción MLPA en simultáneo completando cada ciclo en 45 minutos. Además, exhibe un alto rango dinámico logrando una alta precisión y fidelidad en la resolución de las sondas de MLPA.
Referencias
1- SeqStudio Genetic Analyzer – APPLICATION GUIDE. Applied Biosystem
2- https://www.mrc-holland.com
3- Nygren AO, et al. (2005) Methylation-specific MLPA (MS-MLPA): simultaneous detection of CpG methylation and copy number changes of up to 40 sequences Nucleic Acids Res 33, 14:e128.
4- Bittel, D.C., et al. (2007). Methylation-specific multiplex ligation-dependent probe amplification analysis of subjects with chromosome 15 abnormalities Genet Test 11, 467-475.
5- Dikow, N., et al. (2007). Quantification of the methylation status of the PWS/AS imprinted region: comparison of two approaches based on bisulfite sequencing and methylation-sensitive MLPA Mol Cell Probes 3, 208-215.
6- Hess, C.J., et al. (2008) Concurrent methylation of promoters from tumor associated genes predicts outcome in acute myeloid leukemia Leuk.Lymphoma 49, 1132-1141.
Para mayor información o consultas:
Sección: Biología Molecular
Lic. Alan Gomez.
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Sección: Análisis Especiales
Lic. Analía Seravalle.
Tel 0341-4722424. Interno: 242.