En microbiología clínica, las metodologías para lograr un diagnóstico rápido, sensible y específico de los agentes causales de las enfermedades infecciosas ha experimentado una revolucionaria transformación en los últimos años. La aplicación de técnicas microbiológicas convencionales, que requieren el crecimiento de los microorganismos para su posterior análisis fenotípico y bioquímico, ha pasado a ser complementada con la aplicación de métodos moleculares de diagnóstico. Entre estos métodos, la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) que amplifica y detecta un determinado gen, específico para una determinada bacteria, ha aportado un gran valor diagnóstico en aquellas infecciones clínicamente atribuibles a diferentes agentes. Sin embargo, existen situaciones en las que sería recomendable la tipificación bacteriana mediante la secuenciación del gen que codifica para el ARNr 16S, como en los casos de:
1- Identificación de cepas con escasa descripción, baja frecuencia de aislamiento, o fenotípicamente atípicas;
2- Identificación de bacterias no cultivables o de difícil cultivo;
3- Identificación de bacterias cuyas características bioquímicas no se adaptan a las de ningún género o especie reconocido, lo que en ocasiones puede llegar hasta la descripción de nuevos patógenos.
4- Estudios taxonómicos o de filogenia con fines epidemiológicos.
El ARNr 16S es un polirribonucleótido que tiene distribución universal y es un componente crítico en la función celular, presentando un alto grado de conservación. La secuencia del gen ARNr 16S tiene aproximadamente 1500pb, y se compone de regiones conservadas y de regiones variables especie-específicas.
La metodología básica consiste en utilizar primers universales complementarios a las zonas conservadas del inicio y el final del gen en un paso de PCR, para incrementar la cantidad de ADN. Luego se secuencia la región amplificada, que abarcará las zonas variables comprendidas entre estas zonas conservadas y que son las regiones utilizadas para identificar la cepa por comparación con las secuencias presentes en bases de datos públicas o privadas.
Esta metodología es aplicable en los casos que haya solo un organismo para detectar, por ejemplo en el caso de un espécimen clínico proveniente de un sitio estéril. Esta estrategia no es aplicable si la situación corresponde a un probable cultivo mixto o en casos de muestras medioambientales.
Prestación disponible en Cibic:
* Nota: el tipo de muestra debe corresponder a una colonia aislada o una muestra clínica proveniente de un sitio normalmente estéril.
Para conocer las condiciones del paciente, de almacenamiento y de envío de la muestra y otros datos sobre las prácticas consulte al manual de prestaciones.
Bibliografía
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– Olmos A et al. (2010) Procedimiento en Microbiología Clínica- Recomendaciones de la Sociedad Española de Enfermedades Infecciosas y Microbiología Clínica. Capítulo 37: Métodos de identificación bacteriana en el laboratorio microbiológico.
Para mayor información o consultas:
Sección: Biología Molecular
Dra. Mariela Sciara
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